經過長時間的休整治療眼傷的瀨文焚流（加瀨亮 飾）終于隨著當麻（戶田惠梨香 飾）重返闊別已久的未詳只是此時來自公安部公安五課的市柳（でんでん 飾）和吉川（北村一輝 飾）握得實權令瀨文等人頗為氣悶與此同時在市井算命的覺被一掌握瞬間移動能力的黑衣男子射殺同時遇害的還有覺的保鏢以及幾名無辜市民父母雙雙遇害而作為幸存者并且目擊了黑衣人真實容顏的少女久遠望（谷村美月 飾）便成為對方追殺的目標為了保護小望未詳同仁通力合作并持續追索黑衣人的真面目以及其背后的陰謀在此期間當麻也展示了其不為人知的SPEC一場斗智斗勇的戰斗拉開了序幕……