這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事2027年6月6日的一天隸屬陸軍機密部隊501機關的真室中佐（宮內敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身他對死亡背后自然隱藏著無數謎團陰雨之夜試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）與生化人草薙素子（坂本真綾 配音）在真室中佐的墓地首次相遇此時草薙還只是501機關負責網絡犯罪追查的軍人此行她希望找到倍為尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相誰知棺木中的中佐早已不見了蹤影在此之后她受到荒卷委托展開調查并在一連串兇險追查的過程中與前特種部隊成員巴特（松田健一郎 配音）和時為新濱縣刑警的陀古薩（新垣樽助 配音）邂逅撲朔迷離的案情草薙一行被引向未知的彼方…… 　　本片根據士郎正宗的原作改編