工藤新一（小栗旬）這晚收到挑戰書稱將有他的同學在修學旅行的船上被綁架若新一不能保護好同學須讓出“高中生名偵探”的稱號新一本對修學旅行沒興趣這封信令他次日趕到學校與小蘭（黒川智花）、園子（巖佐真悠子）及班里另外約30名同學會合 　　眾人剛登上旅行用船新一即把目光投向代理班主任北島慎吾（ふかわりょう）、導游西田麻衣（水川あさみ）、船長東邦夫（松重豐）及船員南田恭介（西村和彥）等人時刻保持著警惕但園子仍神不知鬼不覺失蹤著手調查尚無頭緒他再接綁架預告電話